هیأت وزیران در جلسه 1401/6/13 به پیشنهاد وزارت امور اقتصادی و دارایی با همکاری معاونت علمی و فناوری رئیس‌جمهور، وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و به استناد بند (ب) ماده (۱۱) قانون جهش تولید دانش‌بنیان- مصوب ۱۴۰۱- آیین‌نامه اجرایی بند مذکور را به شرح زیر تصویب کرد:
آیین‌نامه اجرایی بند (ب) ماده (۱۱) قانون جهش تولید دانش‌بنیان
ماده ۱- در این آیین‌نامه اصطلاحات زیر در معانی مشروح مربوط به کار می‌روند:
۱. قانون: قانون جهش تولید دانش‌بنیان ـ مصوب ۱۴۰۱ ـ
۲. شورا: شورای راهبری فناوری‌ها و تولیدات دانش‌بنیان موضوع ماده (۲) قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات ـ مصوب ۱۳۸۹ ـ با اصلاحات بعدی آن.
۳. سازمان: سازمان امور مالیاتی کشور.
۴. اشخاص مشمول: شرکت‌ها و مؤسسات متقاضی اعتبار مالیاتی در چهارچوب ماده (۲) این آیین‌نامه.
۵. طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه: طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه که در چهارچوب ضوابط مصوب شورا با هدف تولید محصولات یا خدمات جدید، ارتقای محصولات یا خدمات فعلی و یا بهبود فرآیندهای تولید یا عملیات با به‌کارگیری فناوری و نوآوری در قالب طرح مشخص و حاوی زمان‌بندی و به تأیید دبیرخانه شورا می‌رسد.
ماده ۲- شرکت‌ها و مؤسسات تولیدی و خدماتی که دارای پروانه بهره‌برداری یا مجوز فعالیت از وزارتخانه‌ها و نهادهای ذی‌ربط هستند، می‌توانند مشمول این آیین‌نامه قرار گیرند.
تبصره ۱- در اجرای تبصره (۱) ماده (۲) قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات، شرکت‌ها و مؤسساتی که از حمایت‌های مالیاتی موضوع این آیین‌نامه بهره‌مند می‌شوند، در چهارچوب مصوبات شورا در همان سال مالی امکان استفاده از حمایت‌های مالیاتی موضوع مواد (۳) و (۹) قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات ندارند.
تبصره ۲- در اجرای تبصره (۱) ماده (۲) قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات، در صورتی که اشخاص مشمول موضوع این آیین‌نامه از اعتبار مالیاتی این آیین‌نامه برخوردار شده باشند، بابت کالاها و خدمات تولید شده از نتیجه طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه مذکور، در چهارچوب مصوبات شورا مشمول مشوق‌های مالیاتی موضوع مواد (۳) و (۹) قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات نمی‌باشند.
تبصره ۳- هزینه‌های مشمول حمایت‌های بند (س) ماده (۱۳۲) قانون مالیات‌های مستقیم- مصوب ۱۳۶۶- و اصلاحات بعدی آن به عنوان هزینه‌های مورد تأیید این آیین‌نامه محسوب نخواهد شد.
ماده ۳- معادل هزینه‌های انجام‌شده در طول برنامه زمان‌بندی و تا سقف هزینه‌های مندرج در طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه مصوب بر اساس راهبردها و اولویت‌های اعلامی و در چهارچوب مواد (۱۴۷) و (۱۴۸) اصلاحی قانون مالیات‌های مستقیم- مصوب ۱۳۹۴- و سایر مقررات مرتبط به عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به اشخاص مشمول اعطا می‌شود و معادل آن از مالیات قطعی موضوع ماده (۱۰۵) قانون مالیات‌های مستقیم مربوط به سال انجام هزینه مذکور یا سال‌های بعد کسر می‌شود. راهبردها و اولویت‌ها و ضوابط مربوط به فرآیند تصویب و چهارچوب تدوین طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه توسط شورا تعیین می‌شود.
تبصره ۱- اعتبار مالیاتی موضوع این آیین‌نامه مشمول جایزه خوش حسابی موضوع ماده (۱۹۰) و خسارت و استرداد موضوع ماده (۲۴۲) قانون مالیات‌های مستقیم و تهاتر با بدهی سنوات گذشته قبل از سال انجام هزینه و سایر منابع مالیاتی نخواهد بود.
تبصره ۲- هزینه‌هایی که در اجرای بند (ب) ماده (۱۱) قانون به عنوان اعتبار مالیاتی از مالیات قطعی‌شده سال انجام هزینه مذکور یا سال‌های بعد کسر می‌شوند، مجددا به عنوان اعتبار مالیاتی یا هزینه قابل قبول مالیاتی از جمله هزینه استهلاک پذیرفته نخواهد شد. همچنین مالیات بر ارزش افزوده پرداخت‌شده بابت کالا و خدمات موضوع این آیین‌نامه مشمول اعتبار مالیاتی موضوع این آیین‌نامه نیست.
تبصره ۳- در صورت اظهار خلاف واقع هزینه‌های طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه، اشخاص مشمول از حمایت‌های مالیاتی این آیین‌نامه محروم شده و سازمان مکلف است نسبت به مطالبه اعتبار مالیاتی اعطا شده و جرایم متعلقه قانونی اقدام نماید.
ماده ۴- سرفصل‌های هزینه‌کرد تحقیق و توسعه طرح (پروژه)های موضوع این آیین‌نامه از جمله هزینه‌های منابع انسانی، مواد، ملزومات، تجهیزات و خدمات مورد نیاز تحقیق و توسعه و شرایط پذیرش هریک از آنها با رعایت مفاد این ماده توسط شورا تعیین می‌شود و باید در چهارچوب مواد (۱۴۷) و (۱۴۸) قانون مالیات‌های مستقیم صورت گرفته باشد و در سرفصل‌های جداگانه در دفاتر قانونی ثبت و نگهداری شود.
تبصره ۱- هزینه خرید زمین و ساختمان و یا احداث آن جزء سرفصل‌های مورد پذیرش هزینه‌کرد تحقیق و توسعه نیست.
تبصره ۲- هزینه خرید و نگهداری خودرو به عنوان سرفصل هزینه‌کرد مورد پذیرش نبوده و صرفاً در صورتی که برای مهندسی معکوس و اجرای طرح (پروژه) تحقیق و توسعه به کار رود، با تأیید دبیرخانه شورا به میزان استهلاک سالیانه و بر اساس ماده (۱۴۹) اصلاحی قانون مالیات‌های مستقیم- مصوب ۱۳۹۴- به عنوان هزینه‌کرد تحقیق و توسعه قابل پذیرش است.
تبصره ۳- هزینه خرید ماشین‌آلات و تجهیزات به میزان استهلاک سالیانه در طرح (پروژه) تحقیق و توسعه در چهارچوب مصوبات شورا و بر اساس ماده (۱۴۹) اصلاحی قانون مالیات‌های مستقیم به عنوان هزینه‌کرد تحقیق و توسعه قابل پذیرش است.
تبصره ۴- هزینه خرید مواد اولیه در چهارچوب مصوبات شورا و صرفاً به میزانی که در طرح (پروژه) استفاده شده است، به عنوان هزینه‌کرد تحقیق و توسعه قابل پذیرش است.
ماده ۵- اشخاص مشمول موظفند طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه پیشنهادی خود را همراه با مستندات مورد نیاز در چهارچوب مشخص شده توسط شورا به دبیرخانه شورا ارائه نمایند.
تبصره- دبیرخانه شورا باید امکان دسترسی برخط به طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه مصوب را که در برگیرنده نام شرکت، موضوع طرح (پروژه)، میزان هزینه‌های طرح، مدت زمان و همچنین فهرست طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه موضوع این آیین‌نامه و تأییدیه‌های مربوط را برای سازمان فراهم آورد.
ماده ۶- به منظور تحقق اهداف مندرج در صدر ماده (۱۱) قانون، طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه موضوع این آیین‌نامه منوط به فعالیت‌های فناورانه، نوآورانه و دانش‌بنیان و رعایت چهارچوب تعیین‌شده توسط شورا، از مشوق‌های موضوع این آیین‌نامه بهره‌مند می‌گردند.
ماده ۷- تعیین و تأیید میزان هزینه‌کرد مجاز در طرح (پروژه)های اعلامی مصوب اشخاص مشمول برای اقلام طرح (پروژه) تحقیق و توسعه بر عهده دبیرخانه شورا خواهد بود. دبیرخانه شورا موظف است مجموع هزینه‌کرد مورد تأیید اشخاص مشمول را در هر سال مالی حداکثر تا چهارماه پس از پایان سال مالی در اختیار سازمان قرار دهد. سازمان موظف است با بررسی اسناد هزینه‌ای معتبر نسبت به راستی‌آزمایی هزینه‌کرد اعلامی دبیرخانه شورا اقدام کرده و میزان هزینه‌کرد تحقیق و توسعه نهایی را از سر جمع مالیات عملکرد اشخاص مشمول در آن سال مالی یا سنوات آتی کسر نماید.
تبصره- سازمان موظف است نسبت به درج جدول/جداول ویژه اظهار هزینه‌های تحقیق و توسعه و استفاده از اعتبار مالیاتی موضوع این آیین‌نامه و انتقال به سنوات بعد موضوع بند (ب) ماده (۱۱) قانون در اظهارنامه مالیاتی سال ۱۴۰۱ به بعد اقدام نماید. دستگاه‌های اجرایی مکلف به همکاری، ارائه اطلاعات و دسترسی‌های لازم به دبیرخانه شورا به منظور ارزیابی و شناسایی هزینه‌های تحقیق و توسعه هستند.
ماده ۸- صرفاً هزینه انجام‌شده در طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه با رعایت مفاد این آیین‌نامه به عنوان اعتبار مالیاتی قابل کسر از مالیات قطعی‌شده سال انجام هزینه یا سنوات آتی اشخاص مشمول خواهد بود. اعتبار مالیاتی موضوع این آیین‌نامه قابل تسری به سایر هزینه‌های اشخاص مشمول نمی‌باشد.
ماده ۹- اعتبار مالیاتی موضوع این آیین‌نامه، صرفاً برای طرح (پروژه)هایی که پس از لازم‌الاجراشدن قانون به تأیید دبیرخانه شورا می‌رسند قابل اعمال می‌باشد.
تبصره: در تعیین مصادیق طرح (پروژه)های تحقیق و توسعه، دبیرخانه شورا در فرآیند تأیید در صورت لزوم نظر تخصصی دستگاه اجرایی مربوط را دریافت نماید.
ماده ۱۰- دبیرخانه شورا موظف است دستورالعمل‌های لازم برای اجرای این آیین‌نامه را با همکاری سازمان تهیه و به تصویب شورا برساند. نظارت بر حُسن اجرای این آیین‌نامه بر عهده شورا خواهد بود و شورا موظف است گزارش عملکرد آن را سالیانه تهیه و به هیأت وزیران ارسال نماید.
ماده ۱۱- قراردادهای تحقیق و توسعه موضوع ماده (۱۳) قانون در چهارچوب ضوابط این آیین‌نامه مشمول بهره‌مندی از اعتبار مالیاتی می‌باشد.
