دبیرخانه شورای راهبری فناوری‌ها و تولیدات دانش‌بنیان به‌موجب بند «الف» ماده (8) قانون جهش تولید دانش‌بنیان در معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست‌جمهوری مستقر شده است. 

به‌استناد ماده (5) مصوبه شرح وظایف و آیین‌نامه داخلی شورای راهبری فناوری‌ها و تولیدات دانش‌بنیان وظایف ذیل برای دبیرخانه شورا در نظر گرفته شده است: 

1. تنظیم برنامه و دستورجلسات کارگروه و شورا؛

2. تصمیم‌سازی، تدوین برنامه‌های توسعه‌ای و پشتیبانی کارشناسی و اجرایی برای شورا و کارگروه در حوزه وظایف آن‌ها؛

3. برنامه‌ریزی برای اجرای مصوبات شورا و کارگروه از طریق هماهنگی با دستگاه‌های اجرایی مسئول؛

4. پیگیری و نظارت بر اجرای مصوبات شورا و ارائه گزارشات دوره‌ای به کارگروه و شورا؛

5. تنظیم برنامه‌های پنج‌ساله توسعه اقتصاد دانش‌بنیان و ارائه آن به شورا و کارگروه جهت تصویب و ابلاغ؛